Hoewel je microbioom net zo individueel is als je vingerafdruk, kan het toch grofweg worden onderverdeeld in een basismicrobioom, het zogenaamde enterotype. Het enterotype ontwikkelt zich tijdens de eerste levensjaren. Het is onafhankelijk van geslacht, leeftijd of geografische herkomst.
Je enterotype is vooral gerelateerd aan je genetica en eetgewoonten.

Elk enterotype wordt gedomineerd door een andere bacteriestam. Het enterotype beïnvloedt zowel de energieproductie uit voedsel als de productie van vitaminen.

Er wordt een onderscheid gemaakt tussen drie enterotypen:

1. Enterotype 1: Speciaal voor mensen die vaak vlees eten:
   Bacteriodes
2. Enterotype 2: Speciaal voor mensen die veganistisch of
   vegetarisch voedsel eten: Prevotella
3. Enterotype 3: Speciaal voor mensen die de voorkeur geven aan een
   evenwichtig dieet: Ruminococcus